La Corte dei conti, sezione Affari comunitari e internazionali, nell'adunanza del 19 dicembre 2011, ha approvato un'indagine di controllo sui risultati conseguiti dall'Italia con l'utilizzo dei fondi comunitari nel ciclo di programmazione 2000-2006, in particolare con riguardo al Fears, Fondo di sviluppo regionale

Dall'indagine è emerso che, sul fronte della spesa, la maggior parte dei programmi ha raggiunto soglie di realizzazione superiori al 100%, con la presenza di rilevanti 'overbooking' (impegni e pagamenti in eccesso rispetto alle risorse assegnate). Più complessa è risultata, invece, la valutazione in merito alla qualità dell'impiego delle risorse (e quindi della buona spesa), aspetto relativamente al quale permangono, ad oggi, numerosi profili di criticità, prosegue la Corte, specificando che mentre i risultati dei programmi inseriti nel Docup, Documento unico di programmazione della provincia autonoma di Bolzano e delle regioni Lombardia, Marche, Toscana sono apparsi "in larga misura soddisfacenti", diverso è il discorso per i programmi relativi alle regioni del sud (Campania, Calabria, Sicilia) analizzate. 

Si è riscontrata un'estrema parcellizzazione degli interventi programmati, che ha reso difficile la gestione ed i controlli, impegnando risorse non sempre orientate alla crescita ed allo sviluppo dei territori interessati. la scarsa qualità degli investimenti è spesso riconducibile ad aiuti 'a pioggia' che, mancando di selettività, non contribuiscono in alcun modo ad aumentare la crescita e la competitività dei settori imprenditoriali che ne beneficiano.