Un altro punto a sfavore dei biocarburanti, la loro produzione richiede troppa acqua, anche più di quanto previsto.
Secondo il New Scientist il contributo all’effetto serra sarebbe in 'positivo' a causa del rilascio di NO2. Secondo una ricerca dell’Università del Minnesota, pubblicata su Environmental Science & Technology, il bioetanolo sarebbe anche una specie di spugna che consumerebbe una quantità di acqua molto superiore di quanto si pensasse.
Stime precedenti parlavano di una necessità tra i mille e i 3 mila litri per produrne poco meno di 4 di bioetanolo da mais (le cifre sono conversioni approssimative dai galloni), considerando tutto il ciclo di produzione, dal campo coltivato alla pompa di benzina.
I nuovi studi fatti, che considerano le variazioni di colture e pratiche agricole regionali, parlano di richieste che possono arrivare anche agli 8 mila litri (sempre 'circa'). Le differenze dipendono dal tipo di pratica di irrigazione, oltre che da fattori climatici e dalle richieste della coltura. Tutte variabili che dovrebbero essere prese bene in considerazione prima di spingere la produzione di biocarburanti in modo massiccio. Il rischio è di compromettere gravemente le riserve idriche di una regione per fare andare le proprie macchine.