In sede di Conferenza, le Regioni hanno chiesto lo stralcio del comma 2, articolo 2 (Autorità competenti), dello schema di decreto legislativo per il riordino dei controlli in materia di sicurezza alimentare, in attuazione della direttiva 2004/41/CE. ll comma di cui si chiede l’eliminazione recita che "i compiti del controllo ufficiale in materia di alimenti di origine animale di cui al regolamento 854/2004/CE restano affidati alle Aziende unità sanitarie locali; restano, altresì, fermi i compiti svolti dagli Uffici veterinari per gli adempimenti comunitari (UVAC) ai sensi del decreto legislativo 30 gennaio 1993, n. 27 e successive modifiche e dai Posti d’Ispezione Frontaliera (PIF) di cui al decreto legislativo 3 marzo 1993, n. 93".
E' stata inoltre richiesta l’eliminazione degli articoli 4 (Latte e prodotti a base di latte) e 5 (Prodotti a base di carne). Il primo stabilisce che “il Regolamento (CE) n. 853/2004 non si applica alla vendita diretta dall’ azienda di produzione, al consumatore finale di prodotti a base di latte preparati nelle stessa azienda, nel rispetto della normativa in materia di tutela della salute; il secondo che “ il Regolamento (CE) n. 853/2004 non si applica alla preparazione e al magazzinaggio di prodotti a base di carne, comprese le paste fresche alimentari farcite con carne, e di altri prodotti di origine animale, destinati al consumo umano nei negozi per la vendita al minuto o nei locali adiacenti ai punti vendita, dove la preparazione ed il magazzinaggio sono effettuati unicamente per la vendita diretta al consumatore".
Quanto alle sanzioni la Conferenza chiede che “ai fini dell’ applicazione del presente articolo, per “operatore del settore alimentare” si intende la persona fisica o giuridica responsabile del rispetto delle disposizioni della legislazione alimentare nell’impresa alimentare posta sotto il suo controllo”. Infine, fra le disposizioni transitorie, è previsto che “fino alla data di entrata in vigore delle disposizioni attuative del Regolamento n. 882/2004 (CE) si applicano, ove di misura superiore a quelle previste dallo stesso Regolamento 882/2004, le disposizioni del decreto legislativo 19 novembre 1998, n. 432 o quelle eventualmente rideterminate con disposizioni regionali, fino a concorrenza della copertura integrale dei costi”