Il regolamento comunitario n. 834/2007 prevede che gli Stati membri instituiscano un sistema di controllo sui prodotti biologici gestito da una o più autorità di controllo designate e/o da organismi privati riconosciuti. Generalmente, i controlli analitici effettuati sui prodotti biologici consistono nella ricerca di residui di fitofarmaci, tale metodica tuttavia non garantisce che il prodotto privo di residui sia realmente ottenuto con metodo di coltivazione biologico.
Nel sistema dei controlli dell'agricoltura biologica, uno dei punti critici è da ricercarsi nella fase di produzione ed in particolare nella gestione della fertilizzazione del suolo, dove operatori poco corretti potrebbero impiegare fertilizzanti di sintesi per aumentare le rese della coltura. Il programma di ricerca “Nuovi Marker per la rintracciabilità della frutta biologica” (BIOMARKERS), approvato con Decreto Ministeriale n. 91566 del 29/12/2004, ha avuto l’obiettivo di incrementare l’efficacia degli strumenti di controllo attraverso la ricerca e l'individuazione di nuovi “marker” di qualità che permettano di differenziare, in tutto il percorso “dal campo alla tavola”, la frutta biologica da quella convenzionale.
Ciò ha consentito di mettere in risalto la diversità indotta dalle due tecniche colturali nella produzione di frutti biologici e convenzionali di agrumi, pesche e fragole. La ricerca ha mirato, inoltre, alla caratterizzazione qualitativa dei frutti biologici, necessaria per evidenziarne le proprietà nutrizionali, sensoriali e salutistiche. Tale aspetto assume un'importanza fondamentale ai fini della valorizzazione e promozione del prodotto, anche alla luce della revisione delle norme sulla etichettatura dei prodotti biologici, tanto auspicata dagli operatori del settore.