La filiera del biogas agro-zootecnico è oggetto di crescenti critiche da parte di coloro che ritengono che si tratti di una minaccia alle tradizionali produzioni zootecniche. Sono soprattutto gli agricoltori che non sono interessati a tali impianti a lamentare l'aumento dei canoni di affitto dei terreni.

Confagricoltura intende affrontare il problema incentivando una crescita virtuosa delle agroenergie in generale e degli impianti a biogas in particolare

Il vicepresidente Enzo Veggia, responsabile del Settore Energie, ha illustrato le strategie confederali durante la conferenza stampa sul tema indetta da Confagricoltura: "La crescita delle agroenergie sostenibili va pilotata e bisogna quanto prima definire le regole per uno sviluppo equilibrato delle fonti rinnovabili, compreso il settore del biogas che ha grandi potenzialità". 

"Le criticità per il mercato fondiario che si sono registrate in alcune aree a vocazione zootecnica, soprattutto l'area del cremonese, sono da collegarsi al fatto che la fase dello start up non è stata  del tutto governata - ha aggiunto il vicepresidente - Veggia ha parlato del progetto 'Il biogas fatto bene' che Confagricoltura e altre associazioni hanno messo a punto come punto di riferimento per un futuro che veda il biogas come integrazione del reddito aziendale. Le previsioni per i 2020, secondo il piano d'azione nazionale per le energie rinnovabili, indicano una richiesta di 200 mila ettari di terreno dedicato alla coltivazione di mais per biogas". 

In Italia l'analisi dei dati mostra che mentre il numero di impianti a biogas tende a salire esponenzialmente negli ultimi anni, sia la produzione sia il prezzo del mais rimangono stabili, anche se quotazioni seguono l'andamento volatile a livello mondiale. Nè dopo la brusca impennata tra il 2000 e il 2005, aumentano in maniera significativa le importazioni che si stabilizzano e poi iniziano anche a flettere. 

Inoltre, secondo Confagricoltura, un ulteriore elemento che può indurre a limitare allarmismi su possibili rischi a carico del settore zootecnico (e del comparto bovino in particolare) è dato dal confronto tra l'evoluzione della produzione di silo mais e il numero di capi bovini allevati in Italia. Negli ultimi 5 anni la produzione di silo mais è leggermente calata (-0,5% annuo) ma i capi bovini sono diminuiti ad una velocità circa tre volte superiore (-1,5% annuo). 

Tuttavia, conclude Confagricoltura, nell'ottica di uno sviluppo del biogas non vanno trascurati i motivi di legittima preoccupazione che le filiere zootecniche, in determinate aree, esprimono. Per questo nel documento 'Biogas fatto bene' sono state elaborate proposte specifiche dirette a: regolamentare l'insediamento di impianti di produzione di biogas e di biometano, in relazione a quanto previsto dal dm 10/09/2010 "Linee guida per l'autorizzazione degli impianti alimentati a fonti rinnovabili"; definire il nuovo regime di sostegno alla produzione di energie rinnovabili post 2012; formulare proposte per il sistema regolatorio e di incentivazione per il biometano.