La Commissione europea ha deciso il 10 giugno 2010  di incoraggiare l'industria, i governi e le Ong ad istituire sistemi di certificazione per tutti i tipi di biocarburanti usati nell'Ue, compresi quelli importati, e ha definito i requisiti che tali certificazioni devono rispettare per ottenere il riconoscimento della Commissione.

La certificazione facilita il rispetto dei criteri stabiliti dall'Ue in base ai quali i biocarburanti devono consentire riduzioni considerevoli delle emissioni di gas a effetto serra e non devono provenire da foreste, zone umide e aree naturali protette.

Le regole applicabili ai sistemi di certificazione rientrano in una serie di orientamenti esplicativi per l'attuazione della direttiva sull'energia da fonti rinnovabili, che entrerà in vigore a dicembre 2010.