L'Unione nasce con lo scopo di definire una strategia comune in materia di biocarburanti e promuovere l'interazione con le istituzione e le organizzazioni agricole allo scopo di individuare e favorire lo sviluppo di colture energetiche alternative ed assicurare una corretta comunicazione sugli aspetti concernenti l'impatto ambientale e la sostenibilità dei biocarburanti.
Tra i compiti dell'Unione: definire le strategie sui biocarburanti in accordo con le indicazioni e gli indirizzi che perverranno dalle due associazioni fondatrici; promuovere in maniera concertata lo sviluppo degli impianti di produzione e l'utilizzo dei biocarburanti in Italia; seguire l'evoluzione delle direttive comunitarie e la loro applicazione nei singoli Paesi, anche attraverso l'operato delle due Federazioni europee di riferimento (Ebb per il biodiesel e Uepa per il bioetanolo); seguire i progressi della tecnologia e l'evoluzione dei mercati dei biocarburanti a livello comunitario ed internazionale; promuovere l'interazione con le istituzioni e le organizzazioni agricole; informare e sensibilizzare l'opinione pubblica sull'importanza dei biocarburanti, sul loro impatto ambientale e la loro sostenibilità; partecipare ai tavoli istituzionali per tutte le problematiche inerenti la materia dei biocarburanti.
L'Unione Biocarburanti è gestita dal Comitato direttivo, costituito dai presidenti di AssoDistil e Assocostieri e da quattro consiglieri scelti pariteticamente dalle due associazioni. I membri durano in incarica due anni e possono essere rieletti.