Non vi è prova che più tipi di Xylella fastidiosa siano presenti in Puglia, secondo una disamina condotta dall’Efsa, l'Autorità europea per la sicurezza alimentare sulle recenti evidenze scientifiche disponibili e pubblicata il 18 agosto 2016. L’intera infezione sarebbe da addebitare al ceppo Codiro, che corrisponde alla sequenza di Dna "ST53"
 
Il parere del gruppo di esperti scientifici Efsa sulla salute dei vegetali rappresenta l'ultimo dei tre documenti che danno risposta a una serie di quesiti della Commissione europea in tema di Xylella fastidiosa in Puglia.
 
Il parere Efsa suona come una secca smentita di uno dei capisaldi dell’inchiesta condotta dalla Procura della Repubblica di Lecce, che a dicembre, nell’ordinare il sequestro preventivo degli olivi infetti, finalizzato ad impedirne il taglio previsto dal Piano Silletti, aveva motivato la propria azione anche con l’esistenza di più ceppi del batterio killer degli olivi e dell’impossibilità di stabilire una condotta unica per ogni tipologia di infezione senza cagionare un danno ingiusto al paesaggio e all’economia del territorio.
 
La tesi della Procura era basata su uno studio defininito “isolato” dal comunicato Efsa, che riconosco come tale studio “aveva sollevato la possibilità della presenza di più tipi genetici di Xylella fastidiosa nella zona”. Ma gli esperti Efsa di salute delle piante hanno replicato: “Al momento non esiste alcuna prova a sostegno di tale ipotesi”.
 
Per raggiungere tale conclusione il gruppo ha recensito la più recente letteratura scientifica e analizzato i dati di sequenziamento del Dna tratti da campioni raccolti in Puglia. In tutti i documenti esaminati si concludeva che i campioni di Dna raccolti da olivi e da altre piante appartengono allo stesso tipo di sequenza, chiamato "ST53". 
 
Per l'analisi dei dati di sequenza, il gruppo scientifico ha utilizzato una apposita banca dati, creata nel 2005, che contiene le sequenze di Dna di quasi 300 campioni di Xylella fastidiosa. Il gruppo sottolinea tuttavia che, per poter fornire risposte più complete sulla questione, occorrono ulteriori studi con campioni di maggiori dimensioni e che gli studi dovrebbero includere un'analisi del completo sequenziamento del genoma di Xylella fastidiosa.