Anche nel 2016, così come nel 2015, i costi operativi del Gse non hanno gravato sulla bolletta, ma sono stati interamente coperti dalle tariffe a carico degli operatori energetici che usufruiscono dei servizi del gestore. La società ha proseguito inoltre nel suo processo di efficientamento interno e contenimento dei costi, che nel 2016 si sono attestati a 83 milioni di euro, oltre 10 milioni in meno del 2013, anno di riferimento della cosiddetta Spending Review (Legge 66/14).
Lo scorso anno il Gse è costato al sistema poco più dello 0,5% dei fondi che gestisce, che nel 2016 in termini di incentivi erogati per la produzione di energia rinnovabile hanno raggiunto i 16,4 miliardi. I ricavi derivanti dalla vendita dell'energia elettrica prodotta dagli impianti incentivati e ritirata dal Gse sono stati 1,8 miliardi. Conseguentemente il costo delle politiche di incentivazione per le rinnovabili gestite dal Gse è stato di 14,6 miliardi.
Dopo l'approvazione del bilancio l'assemblea ha anche nominato il nuovo Collegio sindacale nelle persone di: Lorenzo Anichini quale presidente, Marina Protopapa e Federico De Stasio quali sindaci effettivi, Alice Sette e Egidio Ostani quali sindaci supplenti.
L'azionista e il Consiglio di amministrazione hanno formulato il proprio ringraziamento al Collegio uscente per la professionalità e la dedizione con le quali ha assolto il proprio mandato.